不同PCR引物对多种海洋生境沉积物中的有孔虫DNA扩增效能的比较研究

作者：沈阳阳,类彦立,李浩天,石峻峰,李青霞,曹一飞

摘要：不同PCR引物对有孔虫DNA扩增效能存在显著差异,可能导致PCR扩增的效率降低或失败。但目前为止,尚无对于不同海域生境沉积物类型(例如潮间带、近岸浅水或深海沉积物)的有孔虫引物进行有效DNA扩增方法学的比较研究。本实验有孔虫样品采自青岛湾、胶州湾、黄海、西北太平洋以及东太平洋海域表层沉积物,通过使用不同的PCR特异性引物对有孔虫SSU rDNA基因进行PCR扩增,比较不同引物获取的PCR产物的凝胶电泳结果,利用Image J软件对电泳图中目的条带的亮度进行定量分析,研究了不同扩增引物对多种沉积物类型中有孔虫SSU rDNA分子目的片段的扩增效能差异。结果显示,对于潮间带沉积物类型,s14F3和s17是扩增底栖有孔虫的有效组合;对于近岸浅海沉积物,s14F1和s17是有效组合;对于离岸陆架沉积物,使用s14F3和s15ROTEX有效;对于深海泥质沉积物,使用s14F3和s17较为有效;对于金属结核区沉积类型沉积物,使用s14F1和s15ROTEX更为有效。研究表明,由于不同水深沉积物、沉积物自身特性以及有孔虫种类组成存在差异,扩增有孔虫DNA应该根据不同的沉积物类型选取合适的PCR引物,以提高有孔虫遗传物质的扩增效能。本研究结果可为涉及不同海域沉积物类型的底栖有孔虫分子多样性等研究提供有效的技术方法参考。

发文机构：中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室

关键词：底栖有孔虫潮间带近岸浅水离岸陆架深远海分子生物学方法学benthic foraminiferaintertidal zoneshallow nearshore watershelfdeep seamolecular biologymethodology

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