金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及多态性标记开发

作者：王耀嵘,杨尉,任席林,江东能,邓思平,陈华谱,朱春华,李广丽

摘要：【目的】研究金钱鱼(Scatophagus argus)全基因组微卫星分布特征,筛选高多态性微卫星(SSR)标记。【方法】利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行筛选并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点。【结果与结论】金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二碱基重复类型最多(52.64%),微卫星标记整体偏向A+T碱基组合。筛选出23对多态性标记位点,其中7对的等位基因数为4~11,期望杂合度为0.431~0.859,观测杂合度0.417~0.861,多态性含量为0.389~0.830。经Bonferroni校正后,5个位点符合哈德温伯格平衡,且位点间不存在连锁不平衡现象。

发文机构：广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心//广东海洋大学水产学院 阳江职业技术学院食品与环境工程系

关键词：金钱鱼基因组survey测序微卫星标记开发Scatophagus argusgenome survey sequencingmicrosatelliteSSR mining

分类号： Q78[生物学—分子生物学]Q959.483[生物学—动物学]