基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释

作者：王菁,刘付柏,许尤厚,黄宝松,王忠良

摘要：【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。

发文机构：广东海洋大学水产学院 广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室

关键词：方斑东风螺单核苷酸多态性转录组测序Babylonia areolataSNPRNA-seq

分类号： S917.4[农业科学—水产科学]Q75[生物学—分子生物学]